La Flore Intestinale ou Microbiote - Partie 1
Cet « organisme » microscopique qui nous habite - 26 mars 2025
Certains médecins parlent du microbiote comme l’une des révolutions majeures de ces dernières décennies en matière de santé. Et pour cause : lorsqu’il est déséquilibré, une myriade de pathologies peut survenir, allant des troubles digestifs aux maladies neurodégénératives en passant par les maladies cardiovasculaires ou la dépression. Ce dossier regroupant plusieurs fiches vous permettra d’y voir plus clair et de comprendre comment prendre soin de votre microbiote.
La flore intestinale est appelée aussi « microbiote ». Elle est sans aucun conteste un rouage essentiel de notre santé. En effet, l’intestin est considéré comme le centre de notre santé, un carrefour essentiel dans la régulation de multiples organes et systèmes.
Agir sur la flore et l’intestin est le premier acte médical que nous mettons en place chez un patient en médecine intégrative. Sans cela, peu de vraies guérisons sont possibles concernant les maladies chroniques et même un certain nombre de pathologies aiguës.
Ainsi, savez-vous que votre intestin et votre flore sont souvent en cause dans les affections ORL aiguës ou qu’un mal de gorge ou un nez bouché peuvent aussi être directement liés à votre intestin ?
Nous avons tous de nombreuses raisons de nous intéresser à notre flore qui reste la base d’un intestin équilibré. Et pourtant, ces notions de flore sont peu enseignées en faculté de médecine et trop rares encore sont les médecins qui la prennent en charge.
Pourtant, chaque année, des centaines d’études viennent confirmer notre pratique quotidienne. Et c’est pourquoi nous proposons des probiotiques (complément naturel pour rééquilibrer la flore) à l’immense majorité de nos patients avec des résultats toujours positifs.
Alors, apprenons à mieux connaître cette flore afin de mettre en place la prise en charge adaptée à chaque situation.
Une nouvelle médecine qui attise les jalousies et les rancœurs
La flore présente 2 particularités uniques et remarquables.
Elle est constituée de 1014 cellules, soit 100 000 milliards de bactéries intestinales, ce qui représente 10 fois plus de cellules que n’en contient tout notre organisme. Ce calcul est parfois contesté mais les ordres de grandeur sont toujours les mêmes, quel que soit la façon de raisonner.
Cela veut dire que nous avons dans notre ventre une véritable « entité », un « organisme » qui contient 10 fois plus de cellules que la totalité de nos organes. Il comporte ainsi plus de gènes différents que n’en possède le corps humain. On perçoit à quel point l’équilibre entre ces 2 « structures » vivantes va être prédominant pour notre santé.
On parle d’ailleurs de relation « symbiotique » entre ces bactéries intestinales et leur hôte multicellulaire représenté par l’être humain.
Je rappelle tout de suite qu’un animal qui n’aurait pas de flore intestinale ne pourrait pas survivre dans des conditions normales.
On parle du microbiote intestinal pour désigner cette entité présente sur toute la longueur de notre intestin et ses interactions avec nos différents organes sont permanentes comme nous allons le voir dans ce dossier.
On parle aussi du microbiome pour désigner le génome complet de ce microbiote. Ce microbiome comporte plus de 3 millions de gènes différents (et ce décompte n’est que provisoire) à comparer au génome humain qui comporte 22 000 gènes soit 150 fois moins !
Le poids total du microbiote est équivalent à celui de notre cerveau, entre 1 et 2 kilos.
Autre particularité : la lumière intestinale qui héberge notre flore est en réalité « l’extérieur » de notre organisme. C’est en effet un tuyau ouvert aux 2 extrémités où circulent de nombreux éléments à commencer par les aliments. Un élément qui n’est pas absorbé vers le sang à travers la muqueuse intestinale restera en permanence « à l’extérieur » de notre corps, de nos cellules.
Ce microbiote est donc à la fois à l’extérieur de notre organisme et en même temps au plus profond de notre corps, dans nos « tripes », dans notre intimité la plus profonde.
Et nous allons voir que cette flore pourtant « à l’extérieur », a des liens intimes et majeurs avec de nombreux organes et pas seulement l’intestin puisque la flore influence même le fonctionnement de notre cerveau.
Cartographier la flore : utopie ou réalité ?
Un projet international, mais surtout européen appelé MetaHIT (Metagenomics of Human Intestinal Tract) a comme but, depuis 10 ans, de « cartographier » notre microbiote. Les Américains qui aiment bien tout contrôler ont aussi lancé leur projet de recherche : « Human Microbiome Project » (Programme du NIH de 173 millions de dollars lancé en 2012). C’est dire l’importance qu’on lui accorde depuis quelques années. Le but est de connaître en détail ces bactéries, d’identifier leurs gènes et de comprendre leur rôle dans de nombreuses maladies allant de l’obésité à Parkinson en passant par les maladies inflammatoires de l’intestin ou encore les cancers et les infections.
Un des buts ultimes de ce projet serait de pouvoir faire la carte d’identité de la flore d’un individu pour mieux comprendre ses risques de maladie et les prévenir, mais ça, pour le moment, c’est encore de la science-fiction même si nous progressons chaque année.
Il faudrait aussi se donner les moyens d’y arriver. Or, nous connaissons parfaitement le génome humain et pourtant nous n’avons jamais mis en place la recherche de ce génome chez chaque individu pour connaître ses prédispositions aux maladies. Pourtant on sait le faire, mais curieusement on ne veut pas aller sur ce terrain-là qui est encore tabou. Alors le faire pour la flore me paraît utopique.
Sauf évidemment quand un laboratoire aura trouvé un médicament à vendre cher. Alors là, tout d’un coup, ça intéressera les scientifiques et les agences de santé !
Pour l’heure, même les découvertes majeures concernant notre microbiote ne déclenchent aucune recommandation des autorités de santé. Et c’est pourquoi peu de médecins prescrivent des probiotiques malgré tous leurs avantages. Le problème étant qu’il n’y a pas grand-chose à breveter dans ce domaine.
D’ailleurs, il a fallu attendre 2017 pour qu’une première réunion se tienne à l’Académie de Médecine sur ce sujet.
