La Flore Intestinale ou Microbiote - Partie 11
Les conséquences santé d’un déséquilibre de la flore ou dysbiose- 26 mars 2025
Nous vous proposons dans cette fiche une synthèse des principales pathologies où la responsabilité de la flore intestinale est reconnue ou sérieusement suspectée. Cette liste ne sera pas exhaustive, car de nombreuses études sont en cours dans le monde entier tellement ce sujet devient primordial pour beaucoup de scientifiques.
La dysbiose est ses causes
Si une pathologie est liée à la flore, c’est que cette dernière est perturbée, déréglée, anormale. On parle surtout de « dysbiose ».
La dysbiose peut se définir comme « une altération de la symbiose existant entre un être humain et son microbiote intestinal » ou encore comme « un déséquilibre ou une anomalie de la diversité du microbiote » avec une modification de la répartition des différentes espèces et, en particulier, une baisse de la flore dominante et une augmentation de certaines bactéries de la flore sous-dominante.
On peut aussi parler de « déséquilibre de la biodiversité de la flore intestinale ». Tout cela pouvant favoriser le développement de multiples maladies.
On fait parfois une analogie avec la pelouse de votre jardin lorsque les mauvaises herbes (les mauvaises bactéries de la flore sous-dominante) commencent à envahir la pelouse parce que le gazon (les bonnes bactéries de la flore dominante) souffre, est mal nourri ou mal entretenu et ne peut plus contenir le développement des mauvaises herbes qui cherchent en permanence à prendre sa place.
Les causes de la dysbiose sont multiples. Voici les plus importantes :
- un mauvais ensemencement chez le bébé à la naissance ;
- une alimentation inadaptée, augmentant les fermentations et surtout la putréfaction ;
- différents « polluants » de l’environnement, dont les pesticides, le tabac, le café, les métaux lourds et bien d’autres ;
- les médicaments à commencer par les antibiotiques et les IPP (antiulcéreux) ;
- le stress évidemment du fait des liens étroits entre cerveau et intestin (voir la fiche correspondante)
- des facteurs génétiques peuvent jouer un rôle, car certaines personnes auront plus facilement de la dysbiose que d’autres ;
- l’âge, car la composition du microbiote se modifie en vieillissant.
Les conséquences de la dysbiose sont multiples, allant de simples troubles digestifs à des maladies graves.
Les conséquences d’une dysbiose
Voici les pathologies ou déséquilibres les plus représentatifs ou ceux qui bénéficient des preuves les plus solides, sans aucun classement hiérarchique.
Une fiche a été consacrée aux liens entre microbiote et maladies du système nerveux. Parkinson, Alzheimer, mais aussi sclérose en plaques ou autisme ont des liens plus ou moins étroits avec l’équilibre de la flore intestinale. Anxiété et dépression vont aussi être impactées par la dysbiose.
Nous avons également évoqué les impacts du microbiote sur la gestion du poids. Les liens entre obésité et flore sont complexes, mais une chose est sûre : il existe un lien très important entre dysbiose et obésité.
Voyons d’autres pathologies, parfois surprenantes, qui peuvent être favorisées par un déséquilibre de la flore intestinale.
Le syndrome de l’intestin irritable
Des données de plus en plus robustes soulignent l’importance de la perturbation de la flore microbienne intestinale dans les manifestations de colopathie (1). On retrouve une dysbiose chez près de 2/3 des patients atteints de syndrome de l’intestin irritable (SII).
On a pu mettre en évidence un lien entre la composition du microbiote et l’intensité des manifestations intestinales. La dysbiose peut impacter la motricité intestinale, la perméabilité intestinale ou encore l’hypersensibilité viscérale. Le microbiote exerce également ses effets via la fermentation bactérienne (et notamment la production de butyrate). La transformation des acides biliaires pourrait également participer à la survenue des diarrhées.
Prévention des allergies
On sait depuis longtemps que les enfants élevés à la campagne et plus spécialement dans une ferme font beaucoup moins d’allergies et d’asthme.
Lors d’un symposium récent, Le Dr Maurizio Mennini (Rome, Italie) a retracé l’historique de cette « théorie hygiéniste » qui attribuait la réduction du risque d’allergie au fait d’être exposé à de nombreuses infections. Elle est désormais supplantée par la « théorie microbienne », selon laquelle la composition de la flore intestinale dans la période périnatale intervient sur la maturation du système immunitaire (2).
Le microbiote périnatal a une réelle influence épigénétique, avec des effets directs sur l’activité du système immunitaire. Sa composition est soumise à de nombreuses influences, qui commencent pendant la grossesse (prise d’antibiotiques par la femme enceinte), se poursuivent au moment de l’accouchement (par voie naturelle ou césarienne), de l’allaitement (maternel ou lait industriel), etc. La colonisation de l’intestin par les bactéries se fait progressivement, n’atteignant la composition proche de celle de l’adulte que vers 2-3 ans.
Un lien a été fait entre certains types de dysbioses et le risque d’allergie. Ainsi, on a pu montrer que la dysbiose précède l’allergie alimentaire et semble influencer son pronostic.
C’est pourquoi les 2 premières années et en particulier les 2 premiers mois de vie constituent une période cruciale pour le développement de facteurs favorisant la survenue d’allergie. Il conclut en disant : « Ils doivent être la cible de la prévention ».
Les maladies cardiovasculaires
Les maladies cardio-vasculaires (MCV) ont une origine multifactorielle, à la fois génétique, nutritionnelle et environnementale. La part respective de chacun de ces facteurs est variable d’un individu à l’autre. Cependant, il apparaît de plus en plus clairement que le microbiote intestinal joue un rôle dans leur genèse. (3)
Il est décrit, par exemple, que l’implantation d’un microbiote qui provient d’une souris obèse chez une souris axénique (sans aucune flore) provoque une prise de poids importante et rapide chez cette dernière. Or l’obésité fait le lit des maladies cardio-vasculaires.
On sait aussi que la prise d’antibiotiques au long cours peut avoir une incidence sur le risque de développer une maladie cardiovasculaire.
D’autres mécanismes qui impliquent le microbiote entrent probablement aussi en jeu : l’augmentation de la perméabilité de la paroi intestinale pourrait laisser passer des bactéries. Leur implantation durable au niveau des tissus adipeux, musculaires et hépatiques participerait alors le maintien de l’inflammation « à bas bruit » appelée aussi inflammation de bas grade qui est une des causes des maladies vasculaires.
Enfin, certains métabolites bactériens auraient un rôle déterminant dans le développement de maladies cardiométaboliques comme le diabète de type 2, l’athérosclérose ou l’hypertension artérielle. Les données les plus probantes concernent notamment la triméthylamine : ce déchet produit par le microbiote peut passer dans la circulation sanguine et être oxydé par le foie en triméthylamine-N-oxyde, une substance qui favorise la formation de plaques d’athérome. D’autres composés comme le benzoate, l’hippurate ou le crésol modifient eux aussi le risque cardiovasculaire.
Des liens multiples en cancérologie
L’existence d’une dysbiose est décrite comme un facteur qui peut favoriser l’apparition ou la progression d’un cancer, selon différents mécanismes (4) :
- le premier est celui de la cancérogenèse elle-même. Certaines tumeurs sont liées à la présence de micro-organismes précis, ou à celle d’une dysbiose intestinale. C’est notamment le cas avec Helicobacter pylori, une bactérie qui augmente le risque de survenue des cancers gastriques. Un déséquilibre du microbiote peut aussi favoriser certaines espèces (Fusobacterium) capables de stimuler anormalement des voies cellulaires carcinogènes. Des études indiquent que la dysbiose engendrée par des antibiothérapies fréquentes est corrélée à une incidence accrue de cancer du sein chez les femmes.
- un deuxième mécanisme tient au lien étroit entre le microbiote et l’immunité : un cancer se développe quand le système immunitaire n’est plus assez vigilant.
- la dysbiose augmente aussi la perméabilité intestinale, ce qui permet le passage de composés oncogéniques de la lumière intestinale vers l’organisme. Chez l’humain, de tels mécanismes ont été rapportés dans le cadre de pathologies tumorales touchant le côlon, l’estomac, l’œsophage, le pancréas ou encore le foie.
- des anomalies du microbiote auraient aussi la capacité de conduire à l’activation de gènes liés à la survie des cellules cancéreuses. Elles favoriseraient ainsi la progression tumorale. Ce phénomène concernerait des cancers de la sphère intestinale, mais s’observerait aussi à distance du tube digestif.
- plus récemment, des bactéries ont été mises en évidence au sein des tumeurs elles-mêmes : comprendre leur nature, l’origine de leur présence et leur influence sur le tissu cancéreux pourrait apporter de nouvelles pistes thérapeutiques.
Les traitements du cancer vont aussi perturber la flore et entretenir ces mécanismes. Le cyclophosphamide par exemple – une chimiothérapie couramment utilisée en oncologie – augmente la perméabilité intestinale. C’est aussi le cas des nombreux antibiotiques prescrits pendant les chimiothérapies.
Une cause d’insomnies
On sait depuis longtemps que la mauvaise digestion ou les troubles digestifs en général perturbent le sommeil. Mais il existe aussi des liens entre microbiote et insomnie. (5 – 6)
Le professeur Masashi Yanagisawa, de l’université de Tsukuba, au Japon, a ainsi étudié le sommeil de deux groupes de rongeurs. Le premier avait reçu des antibiotiques (qui détruisent la flore bactérienne) pendant quatre semaines, tandis que les souris du second groupe avaient suivi un régime alimentaire normal. Résultat : le sommeil des souris sous antibiotiques s’est complètement désorganisé ! Celles-ci passaient moins de temps en sommeil profond – la phase qui permet de récupérer – pendant leur période de repos habituel, et davantage pendant leur phase normalement active… En clair, après une mauvaise nuit, elles piquaient du nez pendant la journée !
Le chercheur a montré qu’en détruisant le microbiote des rongeurs, les antibiotiques avaient notamment stoppé la fabrication de sérotonine, qui est un précurseur de la mélatonine, l’hormone du sommeil.
Des chercheurs de l’université de Washington ont donné à manger à des rats des doses importantes de butyrate (un acide gras normalement fabriqué par notre flore). Ils ont observé une augmentation de la durée de leur sommeil profond de près de 50 %, mais aussi une baisse de leur température corporelle et une réduction des épisodes de sommeil paradoxal (le moment où nous rêvons). Selon eux, le butyrate pourrait jouer le rôle de « signal bactérien » favorisant l’endormissement lorsque celui-ci se fixe sur des récepteurs situés dans la paroi du foie et/ou de la veine porte.
Une autre équipe a simulé chez des rongeurs des troubles proches de l’apnée du sommeil. Résultat, leur flore bactérienne était altérée à un point tel que, selon les scientifiques, ces modifications pourraient expliquer les pathologies associées habituellement à l’apnée du sommeil, comme les problèmes cardio-vasculaires. Plus étonnant encore : lorsqu’on transfère ce microbiote altéré chez d’autres souris, par transplantation fécale, celles-ci se mettent à développer des troubles similaires.
Le microbiote et le rythme circadien
Les interactions sont si complexes qu’on étudie aujourd’hui le rythme circadien de notre flore, c’est-à-dire leur évolution naturelle pendant la journée et la nuit. Notre microbiote accueille principalement deux familles de bactéries, les Firmicutes et les Bactéroïdètes, qui le composent à 90 %.
Les Firmicutes sont plutôt du matin. Elles s’épanouissent pendant la journée et se font oublier le soir venu. Tandis que les Bactéroïdètes augmentent la nuit. Ainsi, dans notre intestin, chaque bactérie joue son rôle au moment où il le faut.
Les Bactéroïdètes, par exemple, vont digérer des fibres des aliments que nous avons ingérés pendant la journée et qui débarquent dans le côlon une fois que nous dormons. Cela explique qu’au petit matin, on puisse avoir des gaz à évacuer à cause de la fermentation nocturne.
On retrouve ce rythme circadien dans les cas de jet-lag. Les personnes qui souffrent du décalage horaire après un voyage en avion présentent une modification de la composition de leur microbiote. On y trouve ainsi une proportion plus élevée de Firmicutes, dont la présence en trop grand nombre est souvent le signe d’une perturbation du métabolisme (comme dans l’obésité).
Mais ces Firmicutes devant être plus bas la nuit, cette forme de dysbiose liée au jet-lag pourrait expliquer en partie les troubles du sommeil. Rassurez-vous, cette désynchronisation est provisoire : deux semaines plus tard, le microbiote retrouve son rythme et sa composition initiaux.
Des édulcorants très délétères pour notre flore et notre santé
La dysbiose impacte fortement l’obésité et le diabète. Mais le microbiote est impliqué dans des mécanismes plus sournois. En effet, les édulcorants – aspartame, sucralose et saccharine – largement utilisés chez les obèses et les diabétiques augmentent l’intolérance au glucose (donc le diabète) en modifiant la composition du microbiote. (7-8-9)
On sait déjà que la recommandation de consommer des édulcorants et des boissons « sans sucre » chez le diabétique se fondait sur des études contradictoires et peu robustes. On a démontré depuis des années que ces « faux sucres » n’aidaient pas à maigrir, bien au contraire.
Mais pour les auteurs, c’est bien pire : « les résultats obtenus suggèrent que les édulcorants pourraient directement contribuer à augmenter l’épidémie d’obésité et de diabète alors que leur objectif est de les combattre ».
La plupart de ces édulcorants ne sont pas digérés et arrivent donc sans aucune modification au contact de la flore intestinale qu’ils vont perturber. La saccharine serait la pire et induirait le plus de troubles glycémiques chez les souris. Chez l’homme, les résultats sont similaires.
Ainsi dans une étude sur 381 personnes non diabétiques, la consommation d’édulcorants était liée à une augmentation de l’obésité abdominale et de la glycémie à jeun et de l’hémoglobine glyquée. Et le lien avec la dysbiose est fortement envisagé.
Et même en cas de diabète de type 1
Si la dysbiose est très impliquée dans le diabète « gras » qu’on appelle diabète de type 2, qu’en est-il dans le diabète de type 1 (ou DT1) qui est une maladie auto-immune touchant avant tout les enfants ?
Le DT1 est lié à des anticorps dirigés contre les cellules β des îlots de Langerhans du pancréas et est probablement en rapport avec des facteurs génétiques et environnementaux complexes. Le microbiote intestinal jouerait un rôle important. (10)
Des affections virales intestinales et générales ainsi que des dysbioses intestinales importantes ont été identifiées comme des causes potentielles ou des facteurs contributifs. L’étude citée en référence suggère des effets protecteurs des acides gras à chaînes courtes dans le diabète de type 1 humain à début précoce. Or, ces acides gras sont fabriqués par la flore intestinale. Si cette dernière est perturbée ou s’est mal installée à la naissance, en cas de prédisposition génétique, cela peut être un facteur favorisant de l’apparition d’un DT1 chez l’enfant.
Quand l’intestin déséquilibre le foie : la stéatose hépatique
La NASH (stéatose hépatique non alcoolique) qu’on appelle aussi « maladie du foie gras » est une affection de plus en plus fréquente et avant tout liée à l’équilibre diététique et l’obésité. Elle peut avoir plusieurs complications et réduire l’espérance de vie.
On a pu montrer un lien avec le microbiote. (11)
Ainsi, plus la stéatose hépatique progresse, plus la diversité des gènes microbiens diminue. Par ailleurs, l’acide phénylacétique, composé spécifique du microbiote, potentialise l’accumulation de graisses dans le foie. Les chercheurs ont d’ailleurs montré que l’administration d’acide phénylacétique à des souris favorise le développement d’une stéatose hépatique.
Il est donc probable que la dysbiose entretienne et aggrave la stéatose hépatique. Évidemment, les liens sont complexes puisque la dysbiose favorise aussi l’obésité et qu’une alimentation mal équilibrée favorise la dysbiose.
Tout part évidemment de la nutrition, mais agir sur la flore sera tout aussi important en cas de NASH.
Les Maladie Inflammatoire Chroniques de l’Intestin (MICI), un lien étroit avec le microbiote
Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), comme la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique, sont des maladies auto-immunes. On sait qu’elles sont liées en particulier à des facteurs génétiques et environnementaux (alimentation, âge…)
Le rôle du microbiote est suspecté depuis des années pour différentes raisons. Ceci s’explique probablement par le rôle des bactéries intestinales et leurs métabolites dans l’équilibre de la réponse immunitaire locale. (12)
Des dysbioses associées aux MICI ont été décrites plusieurs fois. Elles sont caractérisées par un déficit en certaines bactéries ainsi que par une augmentation de la population d’autres bactéries pro-inflammatoires.
On pense que ces déséquilibres sont à la fois une cause et une conséquence de la maladie : la dysbiose apparaîtrait d’ailleurs, également, sous l’influence de facteurs génétiques et environnementaux, mais jouerait elle-même un rôle dans le démarrage, le maintien ou la sévérité de l’inflammation, engendrant un cercle vicieux.
Le rôle des métabolites bactériens dans ces mécanismes est aussi suspecté.
La polyarthrite rhumatoïde et le lupus, autres maladies auto-immunes en lien avec le microbiote
La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune touchant diverses articulations et en particulier les mains qui se déforment à chaque poussée douloureuse. La responsabilité du microbiote est de plus en plus admise. (13)
Ainsi, Prevotella copri, une bactérie de la flore sous-dominante, a pu être retrouvée de façon excessive dans la flore intestinale aux stades précoces de la maladie.
L’existence d’une diarrhée chronique a également été associée à un risque élevé de PR. L’association s’est avérée encore plus étroite en cas de tabagisme associé. Les interactions entre ces facteurs peuvent favoriser l’apparition de désordres auto-immunitaires qui feraient le lit de certains rhumatismes inflammatoires chroniques, en premier lieu la PR et conduiraient au fil du temps à leur émergence clinique.
Le lupus est encore une maladie auto-immune impactée par les dysbioses. Les auteurs de l’étude citée en référence (14) nous expliquent : « Notre étude offre de nouveaux aperçus, jusque-là insoupçonnés, sur la pathogenèse du lupus, en suggérant le rôle d’une prolifération atypique de certaines bactéries résidant dans nos intestins. Il ne s’agit pas vraiment d’une infection, mais plutôt d’un déséquilibre parmi les bactéries. »
Certaines données semblent indiquer que les microbiotes intestinaux des patients souffrant de lupus sont plus instables et plus susceptibles d’osciller vers un déséquilibre, peut-être après différents chocs au système comme une antibiothérapie anti-infectieuse.
Les patients présentent aussi souvent des signes de perturbation de la barrière intestinale (tels que des taux plus élevés d’IgA sécrétoires), ce qui pourrait permettre à des composants bactériens de passer à travers cette barrière et de déclencher une réaction immunitaire.
Ces résultats suggèrent donc que, chez certains patients, des déséquilibres bactériens pourraient favoriser le développement du lupus et de ses poussées. La pénétration de bactéries à partir de la lumière intestinale pourrait déclencher une réaction immunitaire attaquant des organes lors des poussées du lupus.
Un microbiote de qualité permet de mieux vieillir
Il existerait une corrélation entre le microbiote intestinal et l’inflammation liée à l’âge. (15) Une équipe de chercheurs de l’Université MacMaster (Canada) est venue confirmer ce que des études antérieures avaient déjà suggéré : que les microbes intestinaux changent avec l’âge et peuvent causer une augmentation de l’inflammation ainsi que la mort prématurée, du moins chez les souris.
En vieillissant, nous présentons inévitablement un état inflammatoire chronique de bas grade.
En outre, les personnes avec des niveaux d’inflammation plus élevés sont plus souvent hospitalisées et doivent recevoir plus de soins.
Cependant, la cause sous-jacente de cette augmentation de l’inflammation demeurait encore un mystère.
Cette étude décrit clairement pour la première fois, chez les rongeurs, une connexion cause à effet entre les altérations liées à l’âge dans le microbiote intestinal et les niveaux d’inflammation.
Au cours d’une étude sur des souris, les chercheurs ont constaté que lorsque la composition du microbiote était altérée ou déséquilibrée chez les vieux rongeurs, leur intestin devenait perméable, ce qui permettait à certaines molécules bactériennes de franchir la barrière intestinale et se retrouver dans le flux sanguin, provoquant ainsi une inflammation et le déclin de la fonction immunitaire.
Selon Bowdish, à l’avenir, outre les médicaments, les prébiotiques et les probiotiques pourront être utilisés pour « renforcer la fonction de barrière de l’intestin pour tenir les microbes à distance et réduire l’inflammation ».
Cette liste est loin d’être exhaustive, mais ce petit florilège vous permet de comprendre un peu mieux encore à quel point il est important de protéger et d’entretenir un bon équilibre de votre microbiote.
1 – J.M. Sabaté, N. Cenac, P. Jouet, M. Prost. Atelier partenaire Biocodex. Microbiote et dysbiose intestinale : l’exemple du SII. JFHOD, 22 au 25 mars 2018, Paris.
SP-18.01
2 – Symposium « Primary prevention of allergic disease ». Conférence Scientifique Internationale de la WAO (World Allergy Organization). Du 16 au 18 juillet 2020 (Virtuel).
3 – https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
4 – https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
5 – The brain-gut axis: a target for treating stress-related disorders.Scott LV, Clarke G, Dinan TG. Mod Trends Pharmacopsychiatry. 2013;28:90-9.
6 – Smith RP, Easson C, Lyle SM, Kapoor R, Donnelly CP, Davidson EJ, Parikh E, Lopez JV, Tartar JL. PLoS One. 2019 Oct 7;14(10):e0222394.
7 – Suez J, Korem T, Zeevi D et coll. Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota.Nature (2014) doi:10.1038/nature13793.
8 – FeehleyT, Nagler C. Health: The weighty costs of non-caloric sweeteners. Nature (2014) doi:10.1038/nature13752.
9 – Fagherazzi G, Vilier A, Saes Sartorelli – D et coll. Consumption of artificially and sugar-sweetened beverages andincident type 2 diabetes in the Etude Epidémiologique auprès des femmes de la Mutuelle Générale de l’EducationNationale–European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition cohort Am J Clin Nutr March 2013 vol. 97no. 3 517-523.
10 – Vatanen T. et al. The human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study. Nature 2018 ; 562 : 589-594.
11 – https://www.nature.com/articles/s41591-018-0061-3
12 – Seksik P., Impact clinique du microbiote dans la prise en charge des MICI, FHOD 2013, Paris, 21 mars 2013
13 – Nguyen Y et coll. : Chronic diarrhoea and risk of rheumatoid arthritis: findings from the French E3N-EPICCohort Study. Rheumatology (Oxford). 2020;59(12):3767-3775. doi: 10.1093/rheumatology/keaa133.
14 – D. Azzouz et al, Annals of Rheumatic Diseases, 10.1136/ annrheumdis-2018-214856, 2019
