La Flore Intestinale ou Microbiote - Partie 2
Mieux connaitre et comprendre notre flore intestinale- 26 mars 2025
Un microbiote, des microbiotes
Le microbiote est installé tout au long de notre tube digestif, de la bouche à l’anus et en fonction des différentes zones, il sera très différent.
Une grande diversité de bactéries...
95 % du microbiote est réparti en 4 grandes classes de bactéries (il en existe plus de 60, mais les autres sont minoritaires). Dans chacune de ces classes, il existe plusieurs types de bactéries puisqu’un adulte héberge entre 800 et 1 000 espèces différentes :
- Actinobactéries surtout présentes au niveau ORL, mais aussi sur la peau. Les bifidobactéries utilisés dans les yaourts et les probiotiques font partie de cette classe.
- Bactéroidetes, une des 2 principales classes présentes sur toute la longueur du tube digestif. On y trouve par exemple les bactéries Prevotella qui ont été citées dans la physiopathologie de la Covid.
- Firmicutes, l’autre classe la plus présente et la plus importante, regroupant de nombreuses bactéries allant des lactobacilles (très utilisés comme probiotiques) aux staphylocoques en passant par les clostridium sources de diarrhées graves.
- Protéobactéries qui contiennent en particulier les fameux Escherichia coli qui font partie des entérobactéries.
Voici la répartition, tout au long de notre tube digestif, des principaux groupes de bactéries saprophytes :
Il faut aussi se rappeler qu’il n’y a pas que le microbiote intestinal qui colonise notre corps même si c’est le plus important. Il existe un microbiote vaginal (on parle surtout de la flore de Doderlein) qui possède des liens étroits avec celui de l’intestin et aussi une flore saprophyte cutanée très importante pour notre santé. Il existe même un microbiote dans nos poumons découvert il y a quelques années, mais encore peu étudié.
Une cohabitation intelligente
Tous ces microbes vont interagir en bonne intelligence sous peine de voir se développer des pathologies.
Les urines, elles, sont théoriquement stériles, mais des recherches récentes ont également mis en évidence un microbiote urinaire dont le rôle est mal compris aujourd’hui. Il joue peut-être sur certaines maladies, mais je rappelle que les infections urinaires sont toujours dues à des bactéries provenant de notre intestin. On peut donc imaginer qu’il existe une interaction entre le microbiote urinaire et intestinal. Toujours est-il que c’est en agissant sur la flore et la muqueuse intestinales qu’on arrive à traiter efficacement les cystites à répétition.
Le sang est également théoriquement stérile, mais après chaque repas, on y trouve des traces de notre microbiote ce qui explique certains symptômes liés à l’alimentation et la digestion et montre aussi la place de l’hyper-perméabilité intestinale dans diverses pathologies. Reportez vous à la fiche 9 sur la perméabilité intestinale pour plus de détails
N’oubliez pas une chose sur laquelle nous reviendrons : il y a naturellement dans notre intestin des bactéries très dangereuses : des staphylocoques, des streptocoques, des klebsielles ou encore des clostridias ou des candidas albicans. Pourtant, dans la majorité des cas, ces bactéries ne se développent pas et ne donnent pas de maladies.
Il y a en effet une flore « dominante » qui permet de maîtriser ces bactéries dangereuses, qui sont sous-dominantes voire minoritaires.
Cela montre que, comme le disait Antoine Béchamps, « le microbe n’est rien, le terrain est tout ». Ce qui compte c’est l’équilibre.
Des bactéries, mais pas seulement !
On parle toujours de la « flore bactérienne », mais il existe d’autres « flores » dans l’intestin.
En effet, de façon naturelle, nous hébergeons aussi des parasites (qui dépendent en particulier des pays où l’on vit et où nous avons séjourné), des champignons et des virus.
La diversité des virus présents dans le microbiote (on parle parfois de virome) est très importante (plus de 140 000 identifiés dans une étude métagénomique en 2021). La plupart sont des bactériophages qui jouent un rôle important pour notre santé et notre immunité, pour autant, cette flore virale est encore mal comprise dans son rôle physiologique et pathologique.
Il est certain que les virus et les bactéries de notre microbiote interagissent. À ce jour, on sait assez mal agir sur cette flore virale et nous en parlerons assez peu dans ce dossier, mais il existe chez certaines personnes un développement anormal de virus dans l’intestin qui peut entraîner des symptômes et même des maladies chroniques.
On ne détaillera pas non plus les parasites pouvant être présents dans notre intestin, mais là encore, ils peuvent être source de pathologies chroniques allant des troubles digestifs au syndrome autistique.
C’est pourquoi nous proposons régulièrement des vermifuges, chimiques ou naturels, à des patients souffrant de maladies chroniques.
Surtout qu’il existe un lien étroit entre les parasites et les champignons dans l’intestin. Or, les levures intestinales (autre nom des champignons) peuvent être à l’origine de nombreuses affections, des plus bénignes aux plus graves.
On trouve principalement, de façon naturelle, dans nos intestins les levures suivantes : différents Candida (dont le fameux candida albicans), mais aussi des Saccharomyces, Aspergillus et Penicillium et quelques autres …
Comme pour les bactéries, ces levures, quand elles se développent, peuvent donner des maladies graves. Ainsi, une aspergillose pulmonaire est une maladie grave et complexe à traiter. Cela montre encore une fois que de nombreuses infections, pas seulement bactériennes, peuvent avoir un lien avec l’équilibre de notre microbiote.
Là encore, pas question de traiter systématiquement une personne chez qui on trouve de l’aspergillus ou du candida dans l’intestin. En revanche, si elle présente des symptômes qui pourraient être en lien et qu’on trouve une quantité anormalement haute de ces levures, alors un traitement sera indispensable.
Mais comme toujours, tout est une question d’équilibre. Il faut comprendre qu’on ne peut pas « stériliser » notre intestin. Donc on y trouvera toujours des candida albicans ou des staphylocoques. Le but n’est donc pas de les éliminer, mais de rééquilibrer la flore pour les empêcher de se développer anormalement.
C’est ce que des médecins n’ont toujours pas compris quand ils donnent des antibiotiques à répétition et sans protection de la flore. À chaque fois, cela favorise le développement d’une flore sous-dominante potentiellement agressive. On constate la même chose quand on donne des chimiothérapies sans protéger la flore.
Et pour revenir aux levures, nous rappellerons que si les candida albicans donnent des mycoses vaginales ou cutanées très désagréables, ils sont aussi producteurs de neurotoxines qui peuvent donner des troubles du comportement allant de la dépression à l’hyperactivité.
Équilibrer toutes les composantes de notre microbiote est donc un acte préventif essentiel !
