La Flore Intestinale ou Microbiote - Partie 9
Quelles sont les fonctions de microbiote ?- 26 mars 2025
Les fonctions physiologiques de notre flore intestinale, du microbiote, sont aussi nombreuses que sa composition est complexe. Et dans les 2 cas, nous sommes encore loin d’avoir tout découvert.
Une chose est sûre : ce que nous connaissons déjà nous montre à quel point l’intestin est le centre de notre santé et pourquoi les perturbations du microbiote vont impacter de très nombreuses maladies.
Passons en revue les principaux rôles de notre flore sans hiérarchie particulière.
Un effet « barrière » essentiel
La muqueuse intestinale est un filtre et une barrière entre l’extérieur de l’organisme et « l’intérieur », c’est-à-dire le sang, les cellules.
En dehors de la respiration, c’est à travers l’intestin que pénètrent la majorité des éléments qui viendront nourrir, mais aussi agresser notre corps.
Or, cette muqueuse qui paraît si importante, puisqu’elle doit filtrer ce qui peut rentrer et ce qui ne le doit pas, est constituée d’une seule couche de cellules appelées entérocytes. Elle fait quelques microns d’épaisseur et paraît bien fragile au regard de son importance physiologique.
D’ailleurs, l’hyper-perméabilité intestinale est la cause de nombreuses maladies.
Qu’a prévu la nature pour remédier à cette fragilité ? D’abord une sécrétion de mucus qui piège et filtre les grosses molécules pour les empêcher d’arriver directement en contact des entérocytes. Mais surtout le microbiote et ses 100 000 milliards de bactéries qui créent un véritable manteau protecteur tout au long du tube digestif.
Un rôle majeur pour l’immunité
Cet « effet barrière » est double. D’abord mécanique évidemment, mais aussi « immunitaire », car cette flore intestinale, dite aussi saprophyte, va, par sa présence, empêcher le développement des microbes pathogènes en les privant de nourriture.
Mais cet effet « immunitaire » va plus loin, car c’est grâce à la flore qu’une grande partie de notre système immunitaire se développe. En effet, 70 % environ des cellules de ce système est situé dans la paroi intestinale. On parle surtout des plaques de Peyer qui sont comme des petits ganglions tout au long du tube digestif.
Et il est prouvé qu’un animal qui n’a pas de flore intestinale n’a pas non plus d’immunité. C’est la présence de cette flore multiple et complexe qui entretient la vigilance du système immunitaire. Ainsi, 80 % des anticorps qui sont présents dans les poumons pour les protéger des infections sont fabriqués dans l’intestin.
Évidemment, l’équilibre de la flore aura également un impact sur le transit intestinal.
On peut donc résumer ces mécanismes en 4 fonctions essentielles du microbiote :
- Effet de barrière mécanique microbiologique
- Développement de l’immunité innée et adaptative
- Prévention des infections intestinales
- Régulation du transit.
Mais aussi des actions métaboliques mal connues
Ces milliards de cellules présentes dans notre intestin ont aussi un métabolisme propre. Elles consomment des nutriments, fabriquent diverses molécules et produisent même de l’énergie.
Pour des raisons complexes que je ne détaillerai pas, elles ont un rôle qui paraît de plus en plus important dans l’obésité même si cette pathologie est toujours multifactorielle et en partie liée au comportement et aux émotions.
Le microbiote va participer à la transformation des sels biliaires excrétés dans l’intestin par le foie, à travers la vésicule biliaire. Il va aussi digérer les fibres non digestibles avec les phénomènes de fermentation qui ont un rôle physiologique (voir la fiche sur les FODMPAs).
Il produit directement dans la lumière intestinale des acides gras à chaîne courte qui représentent un véritable « carburant » pour les cellules du côlon. On dit que le microbiote influence la maturation du tube digestif et agit sur la « solidité » de la muqueuse intestinale.
De la même façon, la flore pourra neutraliser certaines molécules potentiellement toxiques arrivant dans l’intestin (on les appelle des xénobiotiques).
Inversement, elle va aussi produire des nutriments essentiels à notre santé comme la vitamine K.
Il est d’ailleurs démontré que la flore influence la croissance des bébés en plus de participer à la maturation de leur système immunitaire.
On peut résumer ces fonctions métaboliques ainsi :
- source d’énergie, mais aussi consommation d’énergie suivant son équilibre ;
- implication dans le contrôle du poids et l’obésité ;
- biosynthèse de nombreuses vitamines, K en particulier, mais aussi des vitamines B ;
- impact sur la croissance des bébés ;
- transformation des sels biliaires, catabolisme des sucres végétaux complexes (cellulose, pectines) et des mucines ;
- protection contre les xénobiotiques ;
- digestions des fibres et fermentation avec production de molécules essentielles à la croissance des entérocytes ;
- qualité et résistance de la muqueuse intestinale : maintien de l’intégrité de l’épithélium.
Vous comprenez pourquoi on considère parfois que le microbiote est un peu comme un organe fonctionnel du corps humain. En réalité, ce microbiote réalise un partenariat, une véritable symbiose avec l’ensemble de l’organisme.
D’ailleurs ses propriétés vont bien plus loin que les actions locales que je viens de décrire. Le plus étonnant – et de découverte assez récente – c’est le rôle du microbiote sur notre cerveau et même sur nos émotions. Reportez-vous à la fiche sur les relations entre le microbiote et le cerveau.
